Tokugawa Ieyasu war der mächtigste Mann in Japan nach dem Tod Hideyoshis 1598. Entgegen seinen Versprechungen, respektierte er Hideyoshis Nachfolger Hideyori nicht.

In der Schlacht von Sekigahara im Jahr 1600 schlug Ieyasu die Hideyori Verbündeten und andere Mächte aus Westjapan. Dadurch erreichte er fast unbegrenzte Macht und enormen Reichtum. 1603 wurde Ieyasu vom Kaiser zum Shogun ernannt, und er gründete seine Regierung in Edo (Tokyo). Die Tokugawa Shogune hielten die Macht über Japan für über 250 Jahre.

Ieyasu brachte das ganze Land unter intensive Kontrolle. Er verteilte das gewonnene Land geschickt unter den Daimyo (Feudalherren): loyalere Daimyo (diejenigen, die ihn schon vor der Schlacht von Sekigahara unterstützten) erhielten die strategisch wichtigeren Provinzen. Jeder Daimyo mußte außerdem jedes zweite Jahr in Edo verbringen. Durch diese Regelung verpflichtete die Zentralregierung die Daimyo zu grossen finanziellen Bürden und mäßigte deren Wirkung in ihren Heimprovinzen.

Ieyasu fuhr damit fort, den Handel mit anderen Nationen zu fördern. Er etablierte Kontakte mit englischen und niederländischen Händlern. Gleichzeitig hielt er aber die Unterdrückung und Verfolgung des Christentums aufrecht, und verschärfte diese sogar im Jahr 1614.

Nach der Zerstörung des Toyotomi Clans im Jahr 1615, als Ieyasu das Schloss von Osaka stürmte, existierten für ihn und seine Nachfahren praktisch keine Rivalen mehr, und Friede herrschte im Land für über zwei Jahrhunderte. Dies bewirkte, dass die Samurai sich nun nicht mehr ausschliesslich in der Kriegskunst, sondern auch in der Literatur, Philosophie und anderen Künsten ausbildeten.

Im Jahr 1633 verbot Shogun Iemitsu das Reisen außerhalb Japans und isolierte das Land 1639 fast vollständig, als er alle Kontakte zum Ausland auf einige wenige Kontakte mit chinesischen und niederländischen Händlern im Hafen von Nagasaki einschränkte.
Außerdem durften auch keine Bücher mehr importiert werden.

Trotz der Isolation, entwickelte sich die Wirtschaft vorerst prächtig. Während der Edo Periode, und im speziellen während der Genroku Ära (1688-1703), blühten auch die Künste auf. Neue Kunstformen wie das Kabukitheater oder die Ukiyo-e Malerei fanden vor allem unter der Stadtbevölkerung großen Anklang.

Die wichtigste Philosophie im Tokugawa Japan war Neo-Konfuzianismus, der Moral, Bildung und eine hierarchische Ordnung in der Gesellschaft und Regierung betonte. Die Bevölkerung wurde in vier Klassen aufgeteilt: an der Spitze stand der Samurai, gefolgt von den Bauern, Handwerkern und Kaufleuten. Den Mitglieder der verschiedenen Klassen war nicht erlaubt, ihren sozialen Status zu ändern. Ausgestoßene, Leute, die in Berufen arbeiteten, die als unrein galten, bildeten eine fünfte, diskriminierte Klasse.

1720 wurde das Verbot zur Einfuhr von ausländischen Büchern aufgehoben, und neue Ideen aus Europa kamen nach Japan (Holländische Lehren). Es entstanden neue, nationalistische Schulen, die shintoistische und konfuzianistische Elemente kombinierten.

Obwohl die Tokugawaregierung über die Jahrhunderte bemerkenswert stabil blieb, verschlechterte sich Ihre Stellung aus verschiedenen Gründen ständig etwas. Viele der wichtigsten Probleme waren wirtschaftlicher Natur. Die sich verschlechternde, finanzielle Situation der Regierung führte zu Steuererhöhungen, die wiederum Aufstände im Volk zur Folge hatten. Außerdem wurde Japan immer wieder von Naturkatastrophen und langen Hungersnöten heimgesucht, was weitere Aufstände und eine zusätzliche Verschlechterung der Finanzen mit sich brachte.

Die soziale Hierarchie in der Gesellschaft geriet auch zunehmend ins Schwanken, als vor allem die Mitglieder der niedersten Klasse der Kaufleute immer mächtiger wurden, und die Samurai zum Teil bei ihnen in finanzielle Abhängigkeit gerieten. In den späteren Phasen der Edo Periode nahm auch die Korruption und Inkompetenz in der Regierung zu.

Gegen Ende des 18.Jahrhunderts begann der Druck von Außen zunehmend stärker zu werden, als die Russen erfolglos versuchten, Handelskontakte mit Japan zu knüpfen. Andere europäische Nationen und die Amerikaner folgten ihnen im 19.Jahrhundert.
Es war schließlich Commodore Perry in den Jahren 1853 und 1854, der die Tokugawaregierung dazu zwang, eine begrenzte Anzahl von Häfen zu öffnen. Das Handelsvolumen blieb allerdings gering bis zur Meiji Restauration im Jahr 1868.

Alle diese Faktoren kombiniert verursachten Anti-Tokugawa Gesinnungen und führten zu anderen Bewegungen wie der Forderung zur Wiederherstellung der kaiserlichen Gewalt und Anti-Westliche Gefühle, besonders unter den ultrakonservativen Samurai.

Viele Leute erkannten aber auch die großen Vorteile der westlichen Mächte auf dem wissenschaftlichen und militärischen Sektor und traten für eine Öffnung Japans ein. Diese Tatsache realisierten schliesslich auch die konservativen Kräfte, nachdem sie mehrere Male mit westlichen Kriegsschiffen konfrontiert wurden.

1867-68 fiel die Tokugawaregierung wegen starkem politischem Druck und die Macht des Kaisers Meiji wurde wiederhergestellt.